（4）取引先調査（状況に応じて）…必要日数
必要があれば、取引金融機関、仕入先や外注先などの取引先に取引内容を確認します。ただ、税務署の一般調査では、調査を円滑に行うために、納税者にあらかじめ断るのが普通です。また、税務署の一部の調査（非協力者など）や国税局の調査では通知なく行います。銀行等の金融機関調査は、かなりの頻度で行いますが、納税者に通知しません。
（5）調査結果の仮説明…税務署、0.5日程度
それまでの調査結果により、内容の具体的説明があります。税務署の指摘に対し、正しければ認め、正しくなければ反論します。税理士がいれば、もちろん税理士が反論します。その反論に対し、調査が継続することになります。
一般的には、この段階で初めて反論するのが賢明です。これ以前の段階で非協力的な態度や反抗的な態度をとることは、なるべく避けるのが得策です。なぜなら、税務職員も人間であると同時に、国税は強力・強大・優秀な組織であるからです。協力的な納税者には甘く、非協力や反抗的な税理士・公認会計士や納税者には組織で本気で対応してきます。昔は「国会議員の一声」や「元税務署長OBの介入」（事件屋）がありましたが、現在は逆効果です。世間に誤解を与えないため、かえって厳しい調査をせざるをえなくなります。組織として向かってきた場合、かなり手ごわいです。その結果、膨大な時間がかかったうえ、マイナスの結果が待っています。
この段階までくれば強く主張してもOKです。充分に納得できるまで税務署に説明を求め、反論します。
（6）調査結果の説明（修正申告書等提出勧奨）…税務署、0.5日程度
前回の反論や疑問点が解決すると、税務署内部で会議等を開催し、最終結論を出します。そして、調査結果の説明がされます。その際、修正申告書等の提出をするよう行政指導されます。
修正申告を提出すると調査は修了します。なお、修正申告しない場合は、税務署が「更正」という一方的な税額の通知をしてくる（相当経ってからですが）ことになっています。そこで、不服があれば別の手続きに移行します。
以上が、個人の一般的な調査の流れになります。個人課税の場合、調査が着手されてから終了するまで２カ月～３カ月が普通になってきています。また、調査遡及年数は、着手時は普通３年、と宣言されますが、誤りがあると５年遡及され、不正の事実があれば７年さかのぼって課税されます。 （終わり）
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